2-Bromo-4-methylphenyl isothiocyanate ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตรต่างๆ กลุ่มไอโซไทโอไซยาเนตของมันทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพต้านมะเร็ง ต้านจุลินทรีย์ และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษา ความตอบสนองของมันยังช่วยให้ใช้ในการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และโปรตีน สนับสนุนการวิจัยทางชีเคมีและการค้นพบยา