(5-(methoxy-d3)pyridin-3-yl)boronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling สารนี้เป็นส่วนประกอบหลักสำหรับการนำกลุ่ม methoxy ที่ deuterated (methoxy-d3) เข้าสู่โมเลกุลที่ซับซ้อน ซึ่งมีคุณค่าในการพัฒนายา deuterated สาร deuterated มักแสดงความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้นและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดีขึ้น ทำให้มีความสำคัญในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา นอกจากนี้ สารเคมีนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารที่มีการติดฉลากสำหรับการศึกษาเชิงกลไกและการประยุกต์ใช้ทางวิเคราะห์ เช่น สเปกโทรสโกปี NMR ซึ่งการติดฉลากด้วยเดยูเทอเรียมช่วยในการติดตามปฏิสัมพันธ์และเส้นทางของโมเลกุล บทบาทในการสร้างวัสดุที่มีการติดฉลากแบบไอโซโทปก็มีความสำคัญในงานวิจัยเกี่ยวกับผลกระทบของไอโซโทปและการโปรไฟล์เมแทบอลิซึม