2-(methyl-d3)-1H-imidazole ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีการติดตามด้วยไอโซโทป (isotope labeling) โดยเฉพาะในงานวิจัยทางเภสัชวิทยาและเคมีชีวภาพ การติดฉลากด้วยไอโซโทปช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถติดตามและศึกษากลไกการทำงานของโมเลกุลในระบบชีวภาพได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีที่มีความเฉพาะเจาะจงสูง โดยเฉพาะในกรณีที่ต้องการวิเคราะห์การกระจายตัวและเมแทบอลิซึมของสารในร่างกาย