5-Ethylisoxazol-3-amine ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพที่ใช้งานได้หลากหลาย มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น โรคลมชักและความวิตกกังวล เนื่องจากศักยภาพในการโต้ตอบกับระบบสื่อประสาท นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการสร้างยาต้านจุลินทรีย์ ซึ่งช่วยต่อสู้กับเชื้อแบคทีเรียที่ดื้อยา ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงการใช้งานในด้านเกษตรเคมี โดยช่วยในการปรุงสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช เพื่อเสริมการป้องกันพืชและเพิ่มผลผลิต