4-Fluorobenzo[d]isoxazol-3(2H)-one ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการผลิตยาที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านอาการชักหรือยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อศึกษาประสิทธิภาพและกลไกการออกฤทธิ์ของสารเคมีในร่างกาย