4-Iodo-3,5-dimethylisoxazole ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ ในอุตสาหกรรมยาและเคมีภัณฑ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ซึ่งสารนี้สามารถทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ หรือสารเคมีที่มีคุณสมบัติเฉพาะ เช่น สารต้านเชื้อแบคทีเรียหรือสารต้านการอักเสบ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความเสถียรและสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่ต้องการ