ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพหลายชนิด โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ตัวอย่างเช่น สามารถนำไปใช้ในการผลิตยาต้านแบคทีเรียหรือยาต้านเชื้อรา เนื่องจากโครงสร้างไอโซซาโซลมีศักยภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงและมีความเฉพาะเจาะจงมากขึ้น