ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาต้านจุลชีพ โครงสร้างของมันทำหน้าที่เป็นบล็อกพื้นฐานในเคมีเฮเทโรไซคลิก ทำให้สามารถสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพได้ มักใช้ในงานวิจัยสำหรับการออกแบบยารุ่นใหม่ เนื่องจากวงแหวนอิโซซอกซอลมีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและสามารถเลียนแบบพันธะเปปไทด์ได้ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง เนื่องจากส่วนอะโรมาติกที่คลอรีนช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ