ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการผลิตยาฆ่าแมลงและยาฆ่าเชื้อรา โครงสร้างของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างส่วนประกอบที่ใช้งานในการกำหนดเป้าหมายศัตรูพืชเฉพาะเจาะจง ในขณะที่ลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม นอกจากนี้ยังใช้ในเคมียาสำหรับการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงยาเภสัชกรรมที่มีศักยภาพในการต้านจุลชีพหรือต้านการอักเสบ กลุ่มฟังก์ชันบรอมโมและเอทอกซีช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติมได้ สนับสนุนบทบาทในการสร้างสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาเพื่อพัฒนายาต้านจุลชีพ ยาต้านเชื้อรา หรือสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างของไอโซออกซาโซลมีความเสถียรและสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อให้ได้สารอนุพันธ์ที่มีคุณสมบัติตามต้องการ จึงนิยมใช้ในงานวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ รวมถึงใช้ในสังเคราะห์สารอินทรีย์เชิงซ้อนที่ต้องการความจำเพาะสูง