3-Methylisoxazole ใช้หลักๆ เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการสร้างยาที่เล็งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารป้องกันเชื้อรา ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์เกษตรเหล่านี้ นอกจากนี้ 3-Methylisoxazole ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ สนับสนุนการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม