Ruxolitinib sulfate ใช้หลักในการรักษาโรค myelofibrosis ซึ่งเป็นโรคหายากของไขกระดูก โดยช่วยลดอาการต่าง ๆ เช่น ม้ามโต เหงื่อออกตอนกลางคืน อาการคัน และอาการปวดกระดูก ผ่านการกำหนดเป้าหมายไปยังเอนไซม์เฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินของโรค นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการจัดการ polycythemia vera ซึ่งเป็นภาวะที่ร่างกายผลิตเซลล์เม็ดเลือดแดงมากเกินไป โดยการควบคุมการผลิตเซลล์เม็ดเลือดและปรับปรุงคุณภาพชีวิต ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา มียังแสดงความหวังในการรักษา graft-versus-host disease (GVHD) ซึ่งเป็นภาวะแทรกซ้อนที่อาจเกิดขึ้นหลังการปลูกถ่ายเซลล์ต้นกำเนิด โดยการปรับเปลี่ยนการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกัน การประยุกต์ใช้ขยายไปยังภาวะ autoimmune บางชนิด เนื่องจากความสามารถในการยับยั้งเส้นทางที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบ