(3S,4S)-Tofacitinib ใช้หลักในการรักษาโรคภูมิต้านตนเอง โดยเฉพาะโรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ โรคข้ออักเสบสะเก็ดเงิน และลำไส้ใหญ่อักเสบเป็นแผล มันทำงานโดยยับยั้งเอนไซม์ Janus kinase (JAK) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในกระบวนการตอบสนองภูมิคุ้มกันและการอักเสบ กลไกนี้ช่วยลดอาการเช่น ปวดข้อ บวม และแข็งข้อในผู้ป่วยข้ออักเสบ นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการจัดการลำไส้ใหญ่อักเสบเป็นแผลระดับปานกลางถึงรุนแรงโดยควบคุมการอักเสบในทางเดินอาหาร การประยุกต์ใช้ขยายไปยังโรคภูมิต้านตนเองอื่นๆ ที่ต้องการการปรับเปลี่ยนระบบภูมิคุ้มกัน เนื่องจากคุณสมบัติยับยั้งภูมิคุ้มกัน มักใช้เมื่อการรักษาอื่นไม่เห็นผลหรือไม่เหมาะสมสำหรับผู้ป่วย การใช้ยานี้ควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงที่รุนแรงได้