เอทิล 2-(3,5-ไดฟลูออโรฟีนิล)-2-ออกโซอะซิเตท ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญสำหรับการผลิตยาฟาร์มาซูติคอลต่างๆ โครงสร้างที่มีกลุ่มไดฟลูออโรฟีนิลทำให้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ เช่น ยายับยั้งเอนไซม์หรือตัวปรับตัวรับ สารประกอบนี้มักใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลอะโรมาติกฟลูออรีน ซึ่งเป็นที่รู้จักสำหรับความเสถียรและ bioavailability ที่เพิ่มขึ้นในเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสร้างสารเคมีเกษตร โดยที่อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย บทบาทในงานวิจัยและพัฒนามีความสำคัญอย่างมาก โดยเฉพาะในการปรับปรุงยาที่เป็นผู้สมัครและการสำรวจตัวแทนบำบัดใหม่ๆ