ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรมที่มีฟลูออรีน (APIs) ซึ่งกลุ่มไดฟลูออโรไซโคลเฮกซิลช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ดี โครงสร้างของมันสนับสนุนการเพิ่ม bioavailability ในยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคระบบประสาทส่วนกลางและโรคอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมเพิ่มขึ้นและความจำเพาะต่อเป้าหมาย หน้าที่ของคีโตนช่วยให้สามารถดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR)