ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในยาตัวสมัคร ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาส่วนผสมที่ใช้งานได้สำหรับการประยุกต์ทางการแพทย์ ใช้บ่อยในการเตรียมอนุพันธ์ฟลูออรีนของโมเลกุลชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษที่การแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพ เช่น ในยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าเชื้อราบางชนิด ความตอบสนองของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งหน้าที่ได้ง่าย สนับสนุนการรวมเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้นระหว่างการสังเคราะห์หลายขั้นตอน