ใช้เป็นตัวกลางในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมเภสัชภัณฑ์และโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนัไลเซชันแบบเลือก性ได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างฮีเทโรไซเคิลที่มีไนโตรเจนและอนุพันธ์กรดอะมิโน กลุ่มฟทาลิไมโดทำหน้าที่เป็นอะมีนที่ได้รับการป้องกัน ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันได้อย่างควบคุมในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ใช้กันทั่วไปในการพัฒนายับยั้งคินาสและยารักษาโรคอื่นๆ ที่ต้องการสถาปัตยกรรมโมเลกุลที่แม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์โปรบฟลูออเรสเซนต์และสารที่มีฉลาก เนื่องจากความตอบสนองต่อนิวคลีโอไฟล์และความเข้ากันได้กับปฏิกิริยาคัปปลิ้งต่างๆ