2,3,4,5,6-Pentafluorobenzophenone เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูงและสารเคมีพิเศษ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตผลึกเหลว ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญในหน้าจอสำหรับอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์ เช่น สมาร์ทโฟน โทรทัศน์ และจอมอนิเตอร์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายา โดยโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง สารนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำกลุ่มอะโรมาติกฟลูออรีนเข้าไป ซึ่งสามารถเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์เคมีต่างๆ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่สาขาเคมีเกษตร โดยมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพและเลือกสรรได้มากขึ้น