แมกนีเซียมแอซิเตต ถูกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะปฏิกิริยาการควบแน่นและเอสเทอริฟิเคชัน นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอสำหรับกระบวนการย้อมและพิมพ์สี เนื่องจากช่วยเพิ่มความคงทนของสี ทำหน้าที่เป็นสารกันบูดในผลิตภัณฑ์อาหารบางชนิด และใช้ในการเตรียมสารบัฟเฟอร์ในงานเคมีและชีวเคมี ในห้องปฏิบัติการยังใช้ในการตกตะกอน DNA และ RNA ระหว่างการทำให้บริสุทธิ์กรดนิวคลีอิก