ใช้ในระบบส่งยาแบบมีเป้าหมาย เนื่องจากสามารถเคลื่อนที่และควบคุมตำแหน่งได้ด้วยสนามแม่เหล็ก ช่วยนำส่งสารออกฤทธิ์ไปยังบริเวณที่ต้องการในร่างกายได้อย่างแม่นยำ นิยมใช้ในการแยกสารชีวโมเลกุล เช่น การแยกดีเอ็นเอ โปรตีน หรือเซลล์จากตัวอย่างชีวภาพ เนื่องจากพื้นผิวของไมโครสเฟียร์สามารถดัดแปลงให้จับกับโมเลกุลเฉพาะได้ เหมาะสำหรับการดูดซับและกำจัดมลพิษในน้ำ เช่น โลหะหนัก หรือสารอินทรีย์พิษ โดยสามารถนำกลับมาใช้ใหม่ได้หลังการแยกด้วยแม่เหล็ก ใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยา (catalyst support) ในการสังเคราะห์เคมี เพราะมีพื้นที่ผิวมาก และสามารถแยกตัวเร่งออกจากปฏิกิริยาได้ง่ายด้วยสนามแม่เหล็ก ประยุกต์ใช้ในงานวินิจฉัยทางชีวภาพ เช่น การตรวจหาเชื้อโรคหรือสารชีวภาพเฉพาะ ร่วมกับระบบตรวจจับแม่เหล็กหรือชีวเซนเซอร์