N-(4-Nitrophenyl)maleimide นิยมใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีและงานวิจัยทางชีวเคมี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการศึกษาปฏิกิริยาของโปรตีนและเอนไซม์ เนื่องจากมีคุณสมบัติในการทำปฏิกิริยากับกลุ่มไทออล (-SH) ในโปรตีนได้อย่างเฉพาะเจาะจง ทำให้สามารถใช้เป็นสารตั้งต้นในการปรับเปลี่ยนโปรตีนหรือสร้างสารประกอบใหม่ทางเคมี นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในด้านการออกแบบสารยับยั้งเอนไซม์หรือสารที่สามารถจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างแม่นยำ