เบนซิลเอทิลมาโลเนตถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตเภสัชภัณฑ์และเคมีภัณฑ์ละเอียด มีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบต่างๆ รวมถึงส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) และสารเคมีเกษตร โครงสร้างมาโลเนตของมันทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลที่ซับซ้อน มักผ่านปฏิกิริยาอัลคิเลชันหรือการควบแน่น นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการเตรียมส่วนประกอบรสชาติและกลิ่นหอม ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาสารประกอบหอมโชย ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาเคมีทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม