5-Fluoro-2-methylanisole ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการสร้างยารักษาใหม่ๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการเกิดปฏิกิริยาเคมีและกลไกที่เกี่ยวข้องกับสารประกอบอะโรมาติกที่ถูกแทนที่ด้วยฟลูออรีน การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่ศาสตร์วัสดุศาสตร์ ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และสารเคลือบพิเศษ