3-Chloro-5-fluoroanisole ถูกนำมาใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตเภสัชภัณฑ์และเคมีเกษตร โครงสร้างของมันที่มีทั้งหมู่คลอโรและฟลูออโรมักมีคุณค่าต่อการนำหมู่ฟังก์ชันเฉพาะเจาะจงเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ในงานวิจัยเภสัชกรรม มักใช้ในการพัฒนายาที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น เนื่องจากความสามารถในการมีอิทธิพลต่อสมบัติอิเล็กทรอนิกส์และปฏิกิริยาการจับคู่ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีพิเศษ โดยใช้ reactivity ที่ไม่เหมือนใครเพื่อสร้างสารประกอบที่มีสมบัติที่ปรับแต่งได้สำหรับการใช้งานในอุตสาหกรรม