(S)-3-Ethylmorpholine hydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะบล็อกการก่อสร้างแบบคิรัลสำหรับการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่าง ๆ ความบริสุทธิ์ของเอนานติโอเมอร์ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่ต้องการสเตอรีโอเคมีเฉพาะสำหรับประสิทธิภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งใน liệu phápระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) และยารักษาอาการปวด นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีกิจกรรมและความเลือกสรรที่เพิ่มขึ้น สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยโครงสร้างแหวนมอร์โฟลีนทำหน้าที่เป็นกลุ่มฟังก์ชันหลัก รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายและความเสถียร ทำให้เหมาะสมสำหรับปฏิกิริยาเคมีและการปรุงแต่งต่าง ๆ