Morpholin-2-ol hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับการเตรียมสารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจหลอดเลือด สารนี้ยังถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการผลิตยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช บทบาทในงานวิจัยเคมีรวมถึงการปรับเปลี่ยนโมเลกุลเพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียร นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสร้างสารเคมีพิเศษสำหรับงานอุตสาหกรรม เช่น สารยับยั้งการกัดกร่อนและสารลดแรงตึงผิว