Morpholin-2-ylmethanol hydrochloride มีการนำไปใช้หลัก ๆ ในงานสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชศาสตร์ ใช้เป็นบล็อกก่อสร้างหรือสารกลางในการเตรียมสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่าง ๆ โครงสร้างวงแหวน morpholine ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท รวมถึงในการสังเคราะห์สารต้านจุลินทรีย์และต้านไวรัส นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยาด้วยโลหะ ช่วยในการพัฒนากระบวนการเร่งปฏิกิริยาที่มีประสิทธิภาพ รูปแบบ hydrochloride ช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในสภาวะปฏิกิริยาน้ำ