Morpholine-3-carboxylic acid hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการพัฒนายาต่างๆ ในอุตสาหกรรมยา โครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งมักเป็นส่วนประกอบหลักในยาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท การติดเชื้อ และภาวะทางการแพทย์อื่นๆ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยเคมียารักษาโรค ซึ่งช่วยในการออกแบบและปรับปรุงผู้สมัครยา รูปแบบ hydrochloride ช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้จัดการง่ายในห้องปฏิบัติการ สารประกอบนี้ยังถูกสำรวจในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและสารเคมีพิเศษ เนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์