(2R)-2-(เมทอกซีเมทิล)มอร์โฟลีน ใช้เป็นบล็อกก่อสร้างแบบคีรอลในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการสเตอรีโอเคมีเฉพาะเจาะจงเพื่อประสิทธิภาพในการรักษา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารตั้งต้นสำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ทางรักษา นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นลิแกนด์หรือตัวเร่งปฏิกิริยาในการสังเคราะห์แบบอสมมาตร เพื่อช่วยในการผลิตสารประกอบที่มีเอ็นแอนติโอเมอร์บริสุทธิ์ กลุ่มเมทอกซีเมทิลของมันช่วยเพิ่มประโยชน์ในการปรับเปลี่ยนความสามารถในการละลายและปฏิกิริยาของสารกลางในปฏิกิริยาเคมี