ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสร้างโมเลกุลชีวภาพที่มีกิจกรรม สร้อย morpholine ของมันช่วยเพิ่มความละลายและคุณสมบัติการจับคู่ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยา ใช้กันทั่วไปในการพัฒนายับยั้ง kinase และยาต้านจุลินทรีย์ นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในยาฆ่าแมลงและวัสดุฟังก์ชันนัลเนื่องจากความเสถียรและปฏิกิริยาในปฏิกิริยาการจับคู่