ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบทางเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากความสามารถในการสร้างอนุพันธ์อะไมด์และเอสเตอร์ที่เสถียร ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์ยาต้านการอักเสบและยาต้านจุลชีพ แหวนมอร์โฟลีนช่วยเพิ่มความละลายและความสัมพันธ์ในการจับในออกแบบยา ทำให้มีคุณค่าในเคมีเภสัชกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตรและวัสดุฟังก์ชันนัลที่ต้องการโครงสร้างเฮเทโรไซคลิก