Morpholine hydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาและสารกลาง มันมีบทบาทสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาปฏิชีวนะ ยาแก้ปวด และตัวยารักษาอื่นๆ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมียาง ซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวเร่งการวัลคาไนเซชันยาง เพิ่มความทนทานและความยืดหยุ่นของผลิตภัณฑ์ยาง ในด้านการยับยั้งการกัดกร่อน ถูกใช้เพื่อปกป้องพื้นผิวโลหะในอุปกรณ์อุตสาหกรรมและท่อส่ง โดยเฉพาะในระบบบำบัดน้ำหม้อไอน้ำ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารบัฟเฟอร์ในกระบวนการเคมีต่างๆ เพื่อรักษาความเสถียรของ pH ในปฏิกิริยา ความหลากหลายของมันทำให้มีคุณค่าในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช