Ethyl 2-Morpholinecarboxylate Hydrochloride ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารชีวภาพต่างๆ โครงสร้างวงแหวนมอร์โฟลีนทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายโรคระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช สารนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารทำปฏิกิริยาในการวิจัยทางเคมีเพื่อปรับเปลี่ยนและปรับปรุงโครงสร้างโมเลกุลให้เพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียร ความสามารถหลากหลายในการสร้างอนุพันธ์ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในเคมียารักษาโรคและกระบวนการค้นพบยา