(5S)-5-ไอโซโพรพิล-3-โมร์โฟลิโนน ถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่มุ่งเป้าไปยังโรคเฉพาะเจาะจง มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลที่มีสเตอรีโอเคมีที่แม่นยำ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างอนุพันธ์โมร์โฟลีน ซึ่งมักถูกนำเข้าไปในยาเพื่อคุณสมบัติการดูดซึมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ บทบาทของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งช่วยในการออกแบบโพลิเมอร์และสารเคลือบพิเศษ