8-Chloro-3-fluoro-1,5-naphthyridine ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปที่ภาวะทางระบบประสาทและมะเร็ง โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนายับยั้งที่โต้ตอบกับเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ ทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับสารประกอบอะโรมาติกที่ฮาโลเจน ช่วยในการพัฒนาวิธีการเคมีอินทรีย์ คุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้เหมาะสำหรับใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ขั้นสูง