ใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเพื่อสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา ซึ่งสารอนุพันธ์ของ 1,6-แนฟทริดีน แสดงฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ฤทธิ์ต้านจุลชีพ ต้านไวรัส และต้านมะเร็ง นิยมนำมาใช้เป็นโครงสร้างพื้นฐาน (scaffold) ในการออกแบบโมเลกุลยาใหม่ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวัสดุศาสตร์เพื่อพัฒนาสารเรืองแสงหรือสารนำไฟฟ้าอินทรีย์ในอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์บางประเภท