สารมาตรฐานแอฟลาทอกซิน เจ1 ใช้เป็นมาตรฐานในการวิเคราะห์ปริมาณสารปนเปื้อนแอฟลาทอกซินในตัวอย่างอาหารและผลิตภัณฑ์ทางการเกษตร โดยเฉพาะในธัญพืช ถั่วเปลือกแข็ง และผลิตภัณฑ์จากถั่วลิสง ซึ่งอาจมีการปนเปื้อนจากเชื้อรา Aspergillus spp. สารนี้ใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อสอบเทียบเครื่องมือวิเคราะห์ เช่น เครื่อง HPLC หรือ LC-MS/MS เพื่อให้ได้ผลการตรวจวัดที่แม่นยำและเชื่อถือได้ ช่วยในการควบคุมคุณภาพและความปลอดภัยของอาหารตามมาตรฐานสากลและกฎหมายควบคุมสารพิษในอาหาร