อะฟลาทอกซิน B2 ใช้หลักในงานวิจัยเป็นมาตรฐานอ้างอิงสำหรับตรวจจับและวัดปริมาณการปนเปื้อนของอะฟลาทอกซินในอาหารและผลิตภัณฑ์ทางการเกษตร เป็นเครื่องมือสำคัญในห้องปฏิบัติการความปลอดภัยอาหารเพื่อปรับเทียบเครื่องวิเคราะห์เช่น HPLC และเครื่องสเปกโตรเมตรีมวลสาร เนื่องจากมีคุณสมบัติทำให้เกิดการกลายพันธุ์และก่อมะเร็ง จึงใช้ในงานศึกษาพิษวิทยาเพื่อประเมินผลกระทบต่อสุขภาพจากการสัมผัสอะฟลาทอกซินระยะยาว โดยเฉพาะต่อการทำงานของตับและความเสียหายของ DNA นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการประเมินประสิทธิภาพของวิธีการกำจัดพิษและการเก็บรักษาเพื่อลดระดับไมโคท็อกซินในพืชผลเช่นข้าวโพด ถั่วลิสง และถั่วตระกูลไม้ การใช้ถูกควบคุมอย่างเข้มงวดเนื่องจากความเป็นพิษสูงและข้อกังวลด้านกฎระเบียบ