(1-Methylpiperazin-2-yl)methanol dihydrochloride ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันซึ่งมีวงแหวนพิเพอราซีน ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้มักถูกใช้ในการเตรียมลิแกนด์สำหรับตัวรับหรือเอนไซม์ เพื่อช่วยในการค้นพบการรักษาใหม่สำหรับโรคทางระบบประสาท เช่น ความวิตกกังวล ภาวะซึมเศร้า หรือโรคจิตเภท นอกจากนี้ ยังอาจทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งโมเลกุลขนาดเล็กสำหรับงานวิจัยมะเร็งหรือการศึกษาโรคติดเชื้อ รูปแบบไดไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในปฏิกิริยาที่มีน้ำเป็นฐานและการทดสอบทางชีวภาพ