ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ความวิตกกังวล ภาวะซึมเศร้า และโรคลมชัก เนื่องจากคุณสมบัติทางโครงสร้างที่ช่วยเพิ่มการทะลุผ่านกำแพงเลือด-สมอง นอกจากนี้ หมู่ไตรฟลูออโรเมทอกซียังมีส่วนช่วยในการปรับปรุงความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ ทำให้เป็นตัวเลือกที่ได้รับความนิยมในเคมีเภสัชกรรม สารประกอบนี้ยังถูกนำไปสำรวจในงานวิจัยเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชชนิดใหม่ โดยอาศัยโครงสร้างทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกเฉพาะ