ไมโครซิสติน-แอลเอถูกใช้ในการศึกษาวิจัยเกี่ยวกับการปนเปื้อนของสารพิษในแหล่งน้ำ โดยเฉพาะในแหล่งน้ำจืดที่มีสาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงินเจริญเติบโตมากเกินไป สารนี้เป็นสารพิษที่ผลิตโดยสาหร่ายเหล่านี้ และสามารถก่อให้เกิดผลกระทบต่อสุขภาพของมนุษย์และสัตว์หากสัมผัสหรือบริโภคเข้าไป การวิจัยมักมุ่งเน้นไปที่การตรวจวัดระดับของไมโครซิสติน-แอลเอในน้ำ เพื่อประเมินความเสี่ยงและพัฒนาวิธีการกำจัดหรือลดปริมาณสารพิษนี้ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเกี่ยวกับผลกระทบทางชีวภาพของไมโครซิสติน-แอลเอต่อสิ่งมีชีวิตในน้ำ และการพัฒนาวิธีการตรวจสอบที่รวดเร็วและแม่นยำเพื่อใช้ในการเฝ้าระวังคุณภาพน้ำ