2,3-Difluoro-6-nitrotoluene ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี กลุ่มไนโตรและฟลูออรีนของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ ในเภสัชกรรม สามารถนำเข้าไปในยาที่เล็งเป้าไปยังโรคต่างๆ โดยใช้คุณสมบัติโครงสร้างเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพหรือความเลือกสรร ในเกษตรเคมี ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชหรือยาฆ่าแมลง โดยโครงสร้างเคมีของมันช่วยสนับสนุนกิจกรรมที่ต้องการต่อศัตรูพืชหรือวัชพืช นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในงานวิจัยอินทรีย์เพื่อศึกษากลไกปฏิกิริยาหรือพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่