กัวนีนไฮโดรคลอไรด์โมโนไฮเดรตถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับกรดนิวคลีอิกและองค์ประกอบของมัน มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์ ซึ่งจำเป็นสำหรับการก่อตัวของ DNA และ RNA สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปที่การติดเชื้อไวรัสและมะเร็ง เนื่องจากบทบาทของมันในกระบวนการเมแทบอลิซึมของนิวคลีโอไทด์ นอกจากนี้ มันยังพบการใช้งานในสูตรเครื่องสำอาง โดยทำหน้าที่เป็นสารกระจายแสงเพื่อเพิ่มความกระจ่างใสของผิวในผลิตภัณฑ์เช่น ไฮไลเตอร์และรองพื้น ในเคมีวิเคราะห์ มันถูกใช้เป็นมาตรฐานสำหรับการปรับเทียบเครื่องมือและการตรวจสอบวิธีการในการวัดปริมาณกรดนิวคลีอิก ความเสถียรและความบริสุทธิ์ของมันทำให้เป็นตัวเลือกที่เชื่อถือได้สำหรับการใช้งานทางวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรมต่างๆ