ใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการศึกษาความเสียหายของดีเอ็นเอและการซ่อมแซมดีเอ็นเอ เนื่องจาก 1-เมทิลกัวนีน เป็นอนุพันธ์ของเบสกัวนีนที่เกิดจากการเมทิลเลชัน ซึ่งสามารถรบกวนกระบวนการถอดรหัสทางพันธุกรรมและนำไปสู่การกลายพันธุ์ได้ จึงถูกใช้เป็นโมเดลในการศึกษาผลกระทบของสารเมทิลเลตติ้งที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในดีเอ็นเอ รวมถึงการประเมินประสิทธิภาพของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการซ่อมแซมดีเอ็นเอ เช่น อัลคิลอะดีนีน ดีเอ็นเอ ไกลโคไซเลส (AAG) ซึ่งเริ่มต้นกระบวนการตัดฐานการซ่อมแซม นอกจากนี้ยังมีการใช้ในงานพัฒนายาที่ออกฤทธิ์โดยการทำให้ดีเอ็นเอเสียหายในเซลล์มะเร็ง