ไอโซไซโตซีนถูกนำมาใช้ในหลายด้านทางวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในด้านชีวเคมีและเทคโนโลยีชีวภาพ มันถูกใช้เป็นส่วนประกอบในการสังเคราะห์ oligonucleotides ซึ่งเป็นโมเลกุลสำคัญในกระบวนการวิจัยทางพันธุกรรมและการพัฒนายา นอกจากนี้ยังมีการนำไอโซไซโตซีนมาใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีของกรดนิวคลีอิก และการออกแบบโมเลกุลที่จำเพาะสำหรับการรักษาโรค ในอุตสาหกรรมยา ไอโซไซโตซีนอาจถูกใช้ในการพัฒนายาใหม่ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมการแสดงออกของยีนและการบำบัดด้วยยีน