สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ โดยเฉพาะในสาขาชีววิทยาโมเลกุลและการวิจัยทางพันธุกรรม สารนี้ทำหน้าที่เป็นนิวคลีโอไซด์ที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม 4,4′-dimethoxytrityl (DMT) ปกป้องหมู่ฮีดรอกซิล 5′ ระหว่างการสังเคราะห์ทางเคมี เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรร อะตอมไอโอดีนที่ตำแหน่ง 5 ของไซโตซีนช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนัไลเซชันเพิ่มเติมหรือปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งได้ ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างลำดับดีเอ็นเอหรืออาร์เอ็นเอที่ถูกดัดแปลง การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการพัฒนาโพรบ ไพรเมอร์ และโอลิโกนิวคลีโอไทด์เพื่อการบำบัด ซึ่งช่วยในการศึกษาการแสดงออกของยีน การวินิจฉัย และการส่งยาแบบกำหนดเป้าหมาย ความเสถียรและปฏิกิริยาของสารนี้ทำให้เป็นหน่วยสร้างที่สำคัญในกระบวนการสังเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์แบบเฟสตะกอน