CITU ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง มันมีบทบาทสำคัญในเคมีนิวคลีโอไซด์เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับนิวคลีโอเบสตามธรรมชาติ ทำให้สามารถนำไปรวมเข้าในโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่ดัดแปลงสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางบำบัด นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการเตรียมโพรบสำหรับชีววิทยาโมเลกุลและการวินิจฉัย ซึ่งช่วยในการติดฉลากและตรวจจับลำดับ DNA หรือ RNA เฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ สารอนุพันธ์ของ CITU ยังถูกสำรวจในการออกแบบโปรดรักเพื่อปรับปรุงการดูดซึมทางชีวภาพและการส่งมอบแบบกำหนดเป้าหมายในสูตรยา