N6-Benzoyl-2′-deoxyadenosine hydrate ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์ โดยเฉพาะในสาขาชีววิทยาโมเลกุลและการวิจัยทางพันธุกรรม สารนี้ทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ deoxyadenosine เพื่อความเสถียรระหว่างปฏิกิริยาเคมี สารประกอบนี้จำเป็นต่อการผลิตลำดับ DNA ซึ่งช่วยให้สามารถควบคุมการประกอบนิวคลีโอไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายา เช่น antisense oligonucleotides ซึ่งเล็งเป้าลำดับพันธุกรรมเฉพาะเพื่อรักษาโรค นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการศึกษากลไกการซ่อมแซม DNA และการสำรวจการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรม การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการเตรียมกรดนิวคลีอิกที่ดัดแปลงสำหรับเครื่องมือวินิจฉัยและโปรบการวิจัย