AMP PNP เป็นอนุพันธ์ที่ไม่สามารถย่อยสลายได้แทนที่ ATP โดยทั่วไปใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุลเพื่อศึกษากระบวนการที่ขึ้นกับ ATP มีคุณค่าอย่างยิ่งในการศึกษากิเนติกส์ของเอนไซม์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวเลียนแบบ ATP ที่เสถียรโดยไม่ถูกย่อยสลายระหว่างปฏิกิริยา สิ่งนี้ช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถดักจับและวิเคราะห์คอมเพล็กซ์เอนไซม์-ซับสเตรตในสถานะก่อนการไฮโดรไลซิส

ใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโครงสร้าง รวมถึงการวิเคราะห์โครงสร้างด้วยเอ็กซ์เรย์และ cryo-EM เพื่อทำให้โครงสร้างโปรตีนคงที่เมื่อ ATP จับมัด สิ่งนี้ช่วยในการทำความเข้าใจกลไกของโปรตีนมอเตอร์ เช่น ไคเนส, เฮลิเคส, และ ATPase

ในการทดสอบเซลล์ AMP PNP สามารถยับยั้งกระบวนการที่ขับเคลื่อนด้วย ATP ช่วยในการแยกวิเคราะห์เส้นทางที่ขึ้นกับพลังงาน ความต้านทานต่อการไฮโดรไลซิสทำให้เหมาะสำหรับการศึกษาบทบาทของการจับมัด ATP เทียบกับการไฮโดรไลซิสในหน้าที่ของโปรตีน นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการจับมัดนิวคลีโอไทด์เพื่อวัดความสัมพันธ์และความจำเพาะของจุดจับมัด