Cytidine-5'-diphosphate trisodium salt ใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษากลไกของเอนไซม์ โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการเมแทบอลิซึมของนิวคลีโอไทด์ ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ชีวโมเลกุลสำคัญ เช่น phospholipids และ glycoproteins ใช้ในการศึกษาวัฒนธรรมเซลล์เพื่อตรวจสอบการรวมตัวของนิวคลีโอไทด์และเส้นทางการส่งสัญญาณของเซลล์ นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในการผลิตยาที่มีฐานนิวคลีโอไทด์และเป็นสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์นิวคลีโอไทด์ที่ถูกดัดแปลงในงานโมเลกุลชีววิทยา มีบทบาทในการวิเคราะห์เส้นทางการเมแทบอลิซึมและการพัฒนายาเพื่อการรักษาที่มุ่งเป้าไปยังกระบวนการที่ขึ้นกับนิวคลีโอไทด์