ใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ในการวิจัยเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมาย การประยุกต์ใช้หลักอยู่ในกระบวนการไบโอคอนจูเกชัน ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการปรับเปลี่ยนชีวโมเลกุลเพื่อเพิ่มความเสถียร ความละลาย หรือความสามารถในการจับคู่ โดยทั่วไปใช้ในการสังเคราะห์คอนจูเกตเปปไทด์-ยา สำหรับการประยุกต์ใช้ในมะเร็ง ซึ่งช่วยให้สามารถส่งยาที่มีประสิทธิภาพแบบเลือกสรรไปยังเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในโพรบการถ่ายภาพวินิจฉัยเนื่องจากความสามารถในการเชื่อมโยงส่วนการถ่ายภาพกับเปปไทด์ที่กำหนดเป้าหมาย รูปแบบไตรฟลูออโรอะซิเตตช่วยปรับปรุงความละลายในตัวทำละลายน้ำและอินทรีย์ ซึ่งอำนวยความสะดวกในการจัดการในเครื่องสังเคราะห์เปปไทด์อัตโนมัติและการคัดกรองแบบไฮธรูพุต